洛奇亚和凤王在海紫堇，三神柱分别在沙漠遗迹、岛屿洞穴、古代坟墓，水都兄妹剧情中就能获得，古拉顿也是红宝石剧情中就能获得，裂空座在天柱顶端，迪奥西斯在二周目天柱顶端，三圣菇在无名洞穴，迪亚卢卡和帕鲁奇亚在武斗镇，本作中神兽十分之多，点击此条目查看详细捕捉地点。
口袋妖怪红宝石神兽捕捉地点
o.雷公(Lv50)
No.炎帝(Lv50)
No.水君(Lv50)
：无踪森林TracklessForest(卡纳兹市Rustborocity附近)
：队伍中携带凤王或洛奇亚
：队伍中携带凤王或洛奇亚时，使用笛子召唤mega拉迪欧斯或拉迪亚斯，地图上会自动出现新的闪光地区。进入后发现环状入口，调查后可按时间条件分别遇敌雷公、炎帝和水君。
电
Lv.50
特性：压力
技能：电火花反射盾咬碎雷牙
触发时间：每小时0分至20分
捕获度：3
火
Lv.50
特性：压力
技能：践踏火焰放射虚张声势火牙
触发时间：每小时20分至40分
捕获度：3
水
Lv.50
特性：压力
技能：极光光线白雾镜面反射冰牙
触发时间：每小时40分至60分(下一小时0分)
捕获度：3
No.洛奇亚
No.凤王
：海紫堇(废弃船，需冲浪潜水)
：击败原始固拉多/原始盖欧卡剧情之后
：潜水进入废弃船底层控制台，右侧隐藏道具扫描仪。携带扫描仪回到卡依市(Slateportcity)港口与船长对话并交还，可以获得透明铃铛(OR)或海鸣之铃(AS)。携带铃铛回到海紫堇会发现传送环，分别可遇敌凤王和洛奇亚。
火+飞
Lv50
特性：压力
技能：放晴大字火神圣火焰惩罚
携带道具：神圣之灰
传送环地点：海紫堇甲板最顶端桅杆处
捕获度：3
注：OR限定
超能+飞
Lv50
特性：压力
技能：祈雨水压空中爆破惩罚
传送环地点：海紫堇水下控制台处
捕获度：3
注：AS限定
No.雷吉洛克
No.雷吉艾斯
No.雷吉斯奇鲁
：
Desertruins沙漠遗迹
Islandcave岛屿洞穴
Ancienttomb古代坟墓
：古空棘鱼x1吼鲸王x1冲浪+潜水+挖洞+怪力(飞天)
：前往号水路，乘着特定的水流可到达一小片可以潜水的区域。(十分难走，走错的话飞天回到出发点，需要多试几次)。沿着水下的路向下走可以看到一块很大的盲文石碑，上浮。看见另一块大型铭文后对其使用挖洞，同时前将古空棘鱼排在队首，吼鲸王排在队尾，之后阅读铭文。触发地震后即可打开另外三个区域的入口，每个入口分别对应三神柱。
岩
Lv40
特性：净体
技能：压路诅咒古代力量铁壁
地点：触发号路铭文后前往号路沙漠南部，可进入沙漠坟墓。其中有和水路发现的铭文一样的石碑。此时向右→走两格，向下↓走两格(推荐使用十字键)，然后使用怪力术，即可打开通往雷吉洛克的门。
捕获度：3
冰
Lv40
特性：净体
技能：压路诅咒古代力量超级健忘
地点：触发号路铭文后前往号路西部(需冲浪)可到达岛屿洞穴。进入后可发现盲文石碑，要求你等待。这时静止不动，两分钟后通往雷吉艾斯的门会自动打开。
捕获度：3
钢
Lv40
特性：净体
技能：诅咒古代力量铁壁超级健忘
地点：触发号路铭文后水静市Lilycovecity西边，号路可到达古代坟墓。进入后在洞穴正中心使用飞天，即可触发雷吉斯奇鲁的大门。
捕获度：3
No.(妹)Lv30AS剧情赠送。OR可通过获得船票后与父亲对话，进入南岛获得(携带心之水珠)
特性：浮游
技能：治愈波动龙之吐吸迷雾球精神转移
No.(哥)Lv30OR剧情赠送。AS可通过获得船票后与父亲对话，进入南岛获得(携带心之水珠)
特性：浮游
技能：治愈波动龙之吐吸迷雾球精神转移
No.Lv45AS剧情获得
技能：压制液体圈冰冻光线原始波动
携带：蓝宝珠
捕获度：3
No.Lv45OR剧情获得
技能：喷烟睡觉地震断崖之剑
携带：红宝珠
捕获度：3
No.Lv70通关后Delta章获得
地点：天柱顶端
技能：神速龙波龙舞升龙击(画龙点睛好中二)
注：捕获率提升至45，剧情需要所以必抓
No.Lv80通关后Delta章太空中获得(与裂空座剧情之间无法存档)
地点：天柱顶端
技能：宇宙力量自我再生精神增压破坏死光
捕获度：3
No.黄圣菇
No.红圣菇
No.蓝圣菇
：无名洞穴namelesscavern
：身上携带三只(或以上)亲密度满的pm
：骑乘mega水都可到达闪光的无名洞穴(靠近水晶市)。着陆后发现洞穴并进入，可以看到地上熟悉的图案并发现神秘圆环。调查圆环可遇敌三圣菇。每捕获一只圣菇后，过一天再次进入洞穴可遇敌下一只圣菇，共计三只。
超
Lv50
特性：浮游
技能：哈欠预知未来超级健忘神通力
捕获度：3
超
Lv50
特性：浮游
技能：咒语预知未来魅惑神通力
捕获度：3
超
Lv50
特性：浮游
技能：吵闹预知未来阴谋神通力
捕获度：3
No.迪亚卢卡
No.帕鲁奇亚
：武斗镇Dewfordtown南部空中
：队伍中携带三圣菇
：队伍中携带三圣菇，并骑乘mega水都飞到武斗镇南部附近时，会发现巨大的时空裂缝。进入裂缝后可根据版本遇敌钻石兽和珍珠兽。
龙+钢(AS限定)
Lv50
特性：压力
技能：波导弹铁尾时间咆哮光栅炮
捕获度：30
水+钢(OR限定)
Lv50
特性：压力
技能：大地力波导弹亚空切断水压
捕获度：30
No.席多蓝恩火+钢
：干旱岩洞(ScorchedSlab，号路冲浪可到达)
：剧情击败或收服原始固拉多/盖欧卡之后
：进入洞穴后沿着新出现的通道进入底层，并找到传送席多蓝恩的神秘圆环。
Lv50
特性：引火
技能：金属音咬碎恐惧颜喷烟
捕获度：3
No.雷吉奇卡斯
：Islandcave岛屿洞穴(与冰神柱洞穴相同)
：在暮水镇Pacifidlogtown东北部的民居中，一个小女孩会告诉你她爷爷告诉她的传说故事。然而故事的一部分透露了如何找到雷吉奇卡斯的信息。
：
1、队伍中携带三神柱
2、时间为白天
3、冰神柱需持有与冰有关的道具，例如、或
4、冰神柱需要改名。(方法：凯那市左侧改名人小屋，改成任何昵称即可)
满足以上条件后进入岛屿洞穴便会触发神柱王。
普
Lv50
特性：缓慢启动
技能：识破复仇广域防御思念头槌
捕获度：3
No.Lv50鬼+龙
：武斗镇Dewfordtown南部空中
：队伍中同时携带迪亚卢卡和帕鲁奇亚
：队伍中携带迪亚卢卡和帕鲁奇亚，在相同的时空裂缝处可遇敌冥王龙。
特性：压力
技能：波导弹暗影爪影袭厄运
捕获度：3
No.(美梦神)Lv50超
：新月岛CrescentIsle
：每日幻岛随机出现
：每日随机出现的幻岛中可能出现新月岛。岛上能发现隐藏的道具并能遇敌美梦神。但该岛出现几率较小，可通过频繁联网交换、擦肩等方式增加出现几率。
特性：浮游
技能：白雾极光光线预知未来切裂
捕获度：3
No.勾帕路翁钢+斗
No.代拉基翁岩+斗
No.毕力吉翁草+斗
：绝迹平原pathlessplain(暮水镇pacifidlogtown附近)
：队伍中携带三只(或以上)努力值满的pm
：骑乘mega水都飞行到暮水镇附近可发现一个较大的闪光岛屿。沿着小径向左上方走能看到神秘圆环立在半岛顶端。对话可触发与三斗神的战斗。
钢+斗
Lv50
特性：正义之心
技能：报仇铁头神圣之剑剑舞
出现时间：周三、五、日
捕获度：3
岩+斗
Lv50
特性：正义之心
技能：报仇岩崩神圣之剑剑舞
出现时间：周二、六
捕获度：3
草+斗
Lv50
特性：正义之心
技能：报仇亿万吸收神圣之剑剑舞
出现时间：周一、四
捕获度：3
No.龙卷云
No.雷电云
：茵郁市Fortreecity上空
：队伍中携带漂浮泡泡
：骑乘mega水都飞到茵郁市上空附近，会发现一朵黑云。进入的话会触发与龙卷云和雷电云其中之一的战斗(版本限定、均为化身形态)。
飞
Lv50
特性：恶作剧之心
技能：神通力高速移动空气切割咬碎
捕获度：3
注：OR限定
电+飞
Lv50
特性：恶作剧之心
技能：阻碍治疗高速移动放电咬碎
捕获度：3
注：AS限定
No.雷希拉姆
No.捷克罗姆
：寓言洞穴Fabledcave，大概位于紫堇市东南
：队伍中携带一只(或以上)Lv的满级pm
：骑乘mega水都并满足触发条件时可在地图上发现该区域闪红星。进入后可根据版本遇敌雷希拉姆或捷克罗姆。
火+龙
Lv50
特性：涡轮火花
技能：龙之吐吸切裂神通力交织火焰
捕获度：3(原先是45但个人抓下来感觉改成3了毕竟不再是剧情需要)
注：OR限定
电+龙
Lv50
特性：垓级电压
技能：龙之吐吸切裂思念头槌交织闪电
捕获度：3
注：AS限定
No.土地云
：茵郁市Fortreecity上空
：队伍中同时携带龙卷云和雷电云
：携带龙卷云和雷电云，骑乘mega水都飞到茵郁市上空附近，会发现与之前不一样的一片雷云。进入后可遇敌土地云(化身形态)。
地+飞
Lv50
特性：沙之力量
技能：神通力剑舞大地力岩崩
捕获度：3
No.酋雷姆
：扭曲巢穴Gnarledden，位于Fallarbortown秋叶镇附近
：队伍中同时携带雷希拉姆和捷克罗姆
：携带雷希拉姆和捷克罗姆，骑乘mega水都飞行至秋叶镇附近发现闪光的新区域。进入洞穴后利用道具搜索器可获得隐藏的重要道具[基因之楔]，用于使酋雷姆与黑白神合体。同时洞穴深处神秘之环可触发与酋雷姆的对战。
冰+龙
Lv50
特性：压力
技能：龙之吐吸切裂恐惧颜冰封世界
捕获度：3